מה זה
Synapse Bio הוא מעבדת גילוי מבוססת גרף. הגרף מייצג ישויות ביולוגיות - גנים, חלבונים, מסלולים, מחלות ותרופות - ואת הקשרים הידועים ביניהן. במקום רק להציג את מה שכבר ידוע, המערכת מחפשת את מה שחסר.
הרעיון המרכזי הוא מנוע הפערים: אלגוריתם שמזהה קשרים שעדיין לא קיימים בגרף אך סבירים מבחינה מבנית, ומדרג אותם לפי בשלות כמועמדים למחקר.
הבעיה
רוב הכלים סביב ידע ביולוגי מציגים מה שכבר ידוע. הקושי האמיתי הוא ההפך: לזהות את החללים - הקשרים שהשילוב שלהם הגיוני אבל אף אחד עוד לא חיבר במפורש. אלה בדיוק המקומות שבהם מסתתר גילוי אפשרי.
רציתי כלי שהופך את החיפוש הזה מאינטואיציה למדד מסודר וניתן לדירוג, במקום קריאה ידנית של מאמרים.
מה בניתי
בניתי מנוע פערים דטרמיניסטי וטהור שמייצר מועמדים בשיטת ABC/Swanson יחד עם Adamic-Adar, ומדרג אותם לפי ripeness = plausibility × (1 − localCoverage). סביב זה יש שכבת ניתוח שלמה: fragility (זיהוי צמתים יתומים וגשרים בשיטת Tarjan), centrality (Brandes betweenness, PageRank, degree), קהילות (label-propagation), enrichment היפרגאומטרי של מסלולים, ניתוח knockout, והפצה בשיטת random-walk-with-restart.
בממשק יש 9 presets לניתוח - מסקירת-גרף מלאה, דרך drug-repurposing ו-orphan-scan, ועד what-if/knockout והפצת RWR. כל preset מחזיר כרטיסי מועמדים עם ציוני בשלות ושרשראות תמיכה, ומחוונים חיים לשקלול-triage (plausibility/novelty/confidence/actionability) שמדרגים מחדש בזמן אמת.
איך זה עובד
הממשק בנוי בסגנון "Lab Noir" - כהה כברירת מחדל עם מעבר לבהיר. מרכזו force-graph ביולומינסנטי: זוהר של צמתים שמתכוונן לפי דרגה, וקשתות מועמדים ב"נמלים צועדות" כתומות. יש telemetry HUD צף עם ספירות חיות, ריבון פקודות Cmd+K, ו-spectrometer בשלות בלוח המחוונים שמדרג מועמדים מקר לחם.
המערכת נבנתה כ-SaaS רב-פרויקטלי: מתג פרויקטים, findings לכל פרויקט בנפרד, sessions ניתנים לשחזור, וייצוא JSON/CSV לצד דוח HTML ו-PNG של הגרף.
חשוב לציין: הדאטה שמגיע עם המערכת סינתטי ולא קליני - 109 צמתים, 180 קשרים ו-6 פערים מתוכננים - כדי להדגים את המנגנון בבטחה.
הסטאק
הקדמה היא vanilla ללא build - HTML, JS גלובלי/IIFE ו-CSS, עם force-graph ו-GSAP מוטמעים מקומית. הכל מוגש כאתר סטטי מ-Vercel.
הבקאנד הוא Cloudflare Worker בגישת raw-fetch מול D1. הנתיב /api/findings מסנכרן ממצאים ל-D1 בנפרד לכל משתמש ופרויקט, ו-/api/explain מייצר הסברי AI דרך Claude (claude-opus-4-8). שני הנתיבים חסומים מאחורי secrets ומאחורי origin allowlist שנכשל-סגור.
התוצאה
המערכת חיה ב-synapse-bio-smoky.vercel.app והדפדפן מתחבר ל-Worker מהקופסה. מנוע הפערים מכוסה ב-24 בדיקות יחידה (node --test), ועבר ביקורת איכות אדוורסרית עם 27 ממצאים מאושרים ו-24 תיקונים - כולל rate-limit לכל IP, בידוד סנכרון לכל מכשיר ופרויקט, ומלכודות focus למודלים.
מה שנשאר פתוח הוא הזנת מפתחות המשתמש (ANTHROPIC_API_KEY והרשות SYNC_TOKEN) כדי להפעיל את הסבר ה-AI המלא - שאר המערכת עובדת בלעדיהם.